معاونیت تحقیقات پوهنتون جامی بهعنوان یکی از بخشهای بنیادین و راهبردی این نهاد علمی، مسؤولیت هدایت، انسجام و توسعه فعالیتهای تحقیقاتی، ابتکاری و نوآورانه را در سطح پوهنتون بر عهده دارد. . این معاونیت با درک اهمیت تحقیقات در پیشرفت علمی و توسعه ملی، تلاش مینماید تا از طریق برنامهریزی دقیق، حمایت از محققان و فراهمسازی بسترهای لازم برای تولید علم، پوهنتون جامی را به یکی از مراکز معتبر تحقیقاتی در کشور مبدل سازد. . هدف اساسی آن، تقویت جایگاه علمی پوهنتون در عرصه تحقیقات ملی و بینالمللی است.
در پرتو گسترش علوم و فناوریهای نوین، معاونیت تحقیقات پوهنتون جامی تمرکز ویژهای بر توسعه فرهنگ تحقیقمحور، ایجاد انگیزه در میان استادان و محصلان برای انجام تحقیقات علمی، و حمایت از پروژههای تحقیقاتی کاربردی دارد. . این معاونیت از طریق تأسیس مراکز تحقیقی، راهاندازی مجلات علمی، برگزاری کنفرانسها، سمینارها و کارگاههای تحقیقاتی، زمینهساز تبادل علمی و ارتقای دانش تخصصی در میان جامعه دانشگاهی میباشد. همچنین تلاش دارد تا پیوند میان تحقیق و نیازهای جامعه را تقویت نماید تا تحقیقات علمی به حل چالشهای واقعی کشور منجر گردد.
از سوی دیگر، این معاونیت در هماهنگی با وزارت تحصیلات عالی و نهادهای تحقیقاتی داخلی و خارجی، در راستای تدوین پالیسیهای تحقیقاتی، حمایت از نشر آثار علمی و ایجاد بانک اطلاعات تحقیقاتی پوهنتون فعالیت میکند. معاونیت تحقیقات با نهادینهسازی اصول صداقت علمی، تشویق نوآوری و ترویج تحقیقات میانرشتهای، مسیر توسعه علمی پوهنتون جامی را هموار ساخته و نقش اساسی در تحقق مأموریت علمی و رسالت اجتماعی این نهاد ایفا مینماید